Su geografía física es en gran parte montañosa. Posee suaves playas en su litoral del Pacífico y planicies bajas al norte del país. Es atravesada en su parte central por la Cordillera de los Cuchumatanes y parte de la Sierra Madre del Sur.

 

Se encuentra en el puesto número 107 en la lista de extensión territorial por países (Incluyendo lugares administrados por otros países). A pesar de ser un país pequeño en tamaño Guatemala es excepcional en términos de diversidad biológica en comparación a otros países y regiones

 

Con siete biomas, Guatemala se posiciona en el primer lugar de Centro América en cuanto a diversidad ecoregional, con 14 ecoregiones y en segundo lugar en el número total de especies descritas, que incluyen mamíferos, reptiles, anfibios, aves y plantas, superado únicamente por Costa Rica. En términos de especies endémicas Guatemala ocupa el primer lugar en relación a Centro América ya que más del 13% de las especies de mamíferos, reptiles, anfibios, aves y plantas son endémicas. Este rasgo es particularmente notorio para la flora, ya que más del 15% de las especies que existen en el país son consideradas endémicas. Guatemala alberga más de 9 mil especies de plantas y animales vertebrados y tiene la mayor diversidad de salamandras apulmonadas (familia Plethodonitiadae), en el mundo, con 41 especies, de las cuales 19 son endémicas. Aproximadamente el 20% de la avifauna de Guatemala está compuesta por especies migratorias.

 

Guatemala tiene siete sitios Ramsar, humedales de importancia internacional. Pero según el Inventario Nacional de Humedales, hay 252 sitios de humedales, entre lagos, lagunas, ríos, pantanos, etc.

 

Existen 192 especies de mamíferos nativos, 486 especies de aves (370 especies se reproducen en el país y presencia adicional de 116 especies) La diversidad de anfibios, Guatemala presenta la diversidad de salamandras sin pulmones más alta del mundo. Según Villar, las especies de anfibios en Guatemala se agrupan en nueve familias y 27 géneros, siendo la más numerosa la familia de los anuros (sapos,y ranas) con 83.

 

El continente americano ha sido considerado como el centro de origen de una serie de importantes plantas cultivadas. El centro de origen de muchas de estas plantas cultivadas se encuentra en la región compartida entre México y Guatemala. Este país es considerado como uno de los centros de origen por Nikolai I. Vavilov, quien mediante el análisis del origen y la fuente de variación genética de las plantas cultivadas, consideró a Guatemala como uno de los centros de diversidad genética más ricos del mundo.

 

También la diversidad cultural (exclusivamente humana) debe considerarse como parte de la biodiversidad. Al igual que la diversidad genética o de especies, algunos atributos de las culturas. La diversidad cultural se manifiesta por la pluralidad del lenguaje, de las creencias religiosas, de las prácticas del manejo de la tierra, en el arte, en la música, en la estructura social, en la selección de los cultivos, en la dieta. Estos grupos nativos poseen conocimientos importantes respecto a usos y propiedades de especies; diversidad de recursos genéticos y las técnicas de manejo.

 

Y con 25 grupos socio-lingüísticos, la biodiversidad de Guatemala va más allá de la flora y fauna; sus paisajes y sus raíces culturales y tradiciones son un gran atractivo para el turismo.

 

Su diversidad ecológica la posiciona como una de las áreas de mayor atractivo turístico en la región. Su topografía hace que posea una variedad de paisajes y climas distintos, por ende tiene una gran riqueza de flora y fauna.

 

Aproximadamente dos terceras partes del territorio de Guatemala están formadas por montañas, muchas de ellas de origen volcánico. Las tierras altas comprenden dos cordilleras paralelas, la Sierra de los Cuchumatanes y el sistema de la sierra Madre, continuación de la cordillera mexicana del mismo nombre, que atraviesa Guatemala de oeste a este y divide al país en dos mesetas de extensión desigual.

 

La vertiente septentrional, la región de Petén, comprende desde zonas de pastoreo hasta selvas altas (bosques húmedos tropicales) y está poco poblada.

 

En la estrecha vertiente del Pacífico, muy húmeda y fértil en su parte central, se localiza la mayor densidad de población. Una importante cadena de volcanes corre paralela a la costa del Pacífico, aunque la mayor parte permanecen inactivos; no obstante, se han registrado erupciones importantes del Tacaná (4.030 msnm), en la frontera con México. También están el volcán de Pacaya en el Municipio de San Vicente Pacaya del Departamento de Escuintla, el Volcán de Fuego en el Departamento de Sacatepequez, y el Volcán Santiaguito, que nació a inicios del siglo pasado y es visitado por vulcanólogos para estudiar su crecimiento.

 

La cumbre más elevada del país es el volcán Tajumulco (4.220 msnm); destacan también el Tacaná (4.030 msnm) entre la frontera de Guatemala-México, el Santa María (3.772 msnm), el Agua (3.766 msnm), el Fuego (3.763 msnm), el volcán Atitlán (3.537 msnm), situado junto al bellísimo lago de su mismo nombre, y el volcán de Pacaya (2.552 msnm) situado junto al lago de Amatitlán, en el Departamento de Guatemala. Los terremotos son frecuentes en las cercanías del cinturón volcánico del sur, donde han sido destruidos numerosos poblados. En el litoral atlántico, principal salida comercial en este océano, se encuentra el mayor lago del país, el Izabal.

 

Los ríos de Guatemala de mayor longitud son: río Motagua desde el Departamento del Quiché hasta la frontera con Honduras en el Departamento de Izabal; el río Usumacinta nace en el Departamento de Huehuetenango como río Chixoy o Negro y luego se convierte en el río Usumacinta en el Departamento de Alta Verapaz y del Petén; luego de bordear todo el Departamento del Petén desemboca en el Golfo de México. También están el río Polochic, el río Dulce y el río Sarstún.