Los sistemas montañosos determinan dos grandes regiones hidrográficas, la de los ríos que desembocan en el océano Pacífico, y los que lo hacen en el Atlántico, que a su vez se dividen en dos vertientes: la del Caribe, por el golfo de Honduras, y la del golfo de México, atravesando Yucatán. Los ríos que desembocan en el golfo de Honduras son extensos y profundos, propios para la navegación y la pesca; entre los más importantes están el río Motagua o río Grande, y el río Dulce, desagüe natural del Lago de Izabal; asimismo se encuentran los ríos que no son propios de navegación y que igualmente desembocan en el océano Atlántico, como son el río Polochic y río Sarstún (frontera entre Guatemala y Belice).

 

De la cuenca hidrográfica del golfo de México sobresalen el río La Pasión y el Chixoy o Negro, río en el cual se ubica la Hidroeléctrica Chixoy que provee el 30% de la electricidad consumida por los guatemaltecos, y donde se ha planificado la construcción de la Hidroeléctrica Xalalá que está ahora en licitación. Todos estos son afluentes del Usumacinta, el río más largo y caudaloso de Centroamérica, y frontera natural entre Guatemala y México en el departamento de El Petén. Los ríos de la cuenca hidrográfica del Pacífico se caracterizan por ser cortos, de curso rápido e impetuoso; dentro de los ríos fronterizos están el río Suchiate (frontera natural entre México y Guatemala, a la altura del departamento de San Marcos), y el río Paz (frontera natural entre el Salvador y Guatemala, a la altura del departamento de Jutiapa).

 

El territorio cuenta con numerosos lagos y lagunas, muchos de origen volcánico, como el espléndido lago de Atitlán, y el Amatitlán, con manantiales de aguas sulfurosas a altas temperaturas. De origen fluvial destacamos el lago Petén Itzá, que tiene varias islas, y en una de ellas se asienta la isla de la ciudad de Flores, y el lago de Izabal, el más grande de Guatemala, que desemboca en el golfo de Honduras a través del río Dulce.

 

El litoral costero de Guatemala tiene una extensión de 402 km. Las costas del mar Caribe, estimadas en 148 km, están comprendidas en el golfo de Honduras, donde se encuentra la bahía de Amatique. El litoral costero del Pacífico es la costa más extensa, con 254 km.