Los gobiernos de 1978-1982 (Fernando Romeo Lucas García), 1982-1983 (Efraín Ríos Montt), 1983-1986 (Óscar Humberto Mejía Víctores), con la excusa de una «amenaza comunista», acabaron con todos los movimientos sociales e indígenas de protesta. El ataque gubernamental, que perpetró 667 masacres e hizo desaparecer 443 aldeas, provocó el desplazamiento de aproximadamente 450,000 campesinos, que se vieron obligados a refugiarse en México.

 

A partir de la asunción del general Lucas García, Guatemala entró en un nuevo ciclo de lucha contrainsurgente. Durante 1979 y 1980 se registraron varias masacres en el interior del país, de escaso eco mediático. El 31 de enero de 1980 la situación en Guatemala pasó a ser objeto de atención mundial por la Matanza en la embajada española de Guatemala perpetrada por las fuerzas del Ejército, con un saldo de 37 personas fallecidas, pertenecientes a un grupo de indígenas que había tomado la embajada para llamar la atención mediática mundial acerca del genocidio maya. Durante el período en el que el general Lucas estuvo en el poder se construyeron en el país las obras más importantes de infraestructura en la historia moderna del mismo, tales como la hidroeléctrica de Chixoy, el Puerto Quetzal, la franja Transversal del Norte, hospitales como el San Juan de Dios y se mejoró la infraestructura de las principales carreteras del país.

 

El problema institucional relacionado con los fraudes en las elecciones en 1982 surgió de nuevo. El 9 de marzo de 1982 el ejército era el encargado de velar por el buen desarrollo de las elecciones. Varios de los "jóvenes oficiales" y, entre ellos, el actual presidente de la República Otto Pérez Molina, eran los encargados de vigilar la transparencia de dichas elecciones directamente en las urnas; dándose cuenta del fraude, el 23 de marzo de 1982 dieron un golpe de Estado para evitar la toma de posesión del recién electo presidente coronel Ángel Aníbal Guevara.

 

El general Ríos Montt formó una junta militar de tres miembros que anuló la constitución de 1965, disolvió el Congreso, suspendió los partidos políticos y anuló la ley electoral.

 Después de unos meses, Ríos Montt despidió a sus colegas de junta y asumió de facto el título de “Presidente de la República” gobernando en solitario.

Ríos Montt intensificó su política represiva contra los activistas populares de todo tipo. En mayo de 1982, la Conferencia de Obispos Católicos acusó a Ríos Montt (de declarada religión evangélica cristiana) de la responsabilidad de cultivar la militarización del país y continuar las masacres de civiles por medios militares.

 

Las Fuerzas Armadas de Guatemala, al mando de Ríos Montt, y las Patrullas de Autodefensa Civil (PAC) realizaron atentados terroristas en todo el territorio, con la excusa de la «amenaza subversiva»; la actividad guerrillera disminuyó y fue en gran parte limitada a operaciones de golpear y huir. Ríos Montt ganó esta victoria militar casi total contra la insurgencia que se vió obligada a limitar sus acciones en áreas fronterizas con México (principalmente el Norte del Departamenro de El Quiche).

 

La breve presidencia de Ríos Montt fue probablemente el período más violento del conflicto de 36 años, que resultó en aproximadamente 30.000 muertes de civiles, en su mayoría indígenas. La inmensa mayoría de las violaciones de derechos humanos se atribuyen a las Fuerzas Armadas y las PAC que ellos controlaban.