El coronel Carlos Castillo Armas revirtió muchos de los cambios realizados por el coronel Arbenz con anterioridad, llevando una política que se abanderaba como anticomunista. Fue asesinado en 1957, por lo que el Congreso de la República hubo de nombrar a presidentes interinos sucesivamente para llenar el vacío de poder dejado. Dentro de ellos se nombró el General Miguel Ydígoras Fuentes, anterior Ministro de Obras Públicas en la dictadura ubiquista y detractor de las políticas de Arévalo y Arbenz. Ydigoras formó en Guatemala a los activistas que intentaron la fallida Invasión de Bahía de Cochinos. Los boinas verdes (United States Army Special Forces) se instalaron en el país, y entrenaron a su ejército hasta convertirlo en la fuerza represiva más poderosa de Centroamérica. Organizaciones como la Mano Blanca o el Ejército Secreto Anticomunista realizaron una actividad violenta que tuvo su paralelismo con los cruentos asesinatos y secuestros realizados por los radicales comandos de la ORPA (Organización del Pueblo en Armas). Dichos guerrilleros izquierdistas fueron patrocinados por el gobierno soviético y cubano. Dicha época fue caracterizada por las masacres cometidas por las Fuerzas Armadas de Guatemala, financiadas por el gobierno de los Estados Unidos, que recién en la actualidad se están empezando a investigar.

 

En respuesta a su gobierno cada vez más autocrático, un grupo de oficiales militares de menor rango, entre los que estaba Marco Antonio Yon Sosa, se rebeló, intentando derrocarlo en 1960. Cuando fracasaron, varios huyeron y establecieron lazos estrechos con Cuba. Este grupo se convertiría en el núcleo de las fuerzas armadas de insurgencia que lucharían contra los gobiernos militares durante los 36 años siguientes. Sus cuatro grupos principales guerrilleros de izquierda realizaron sabotajes económicos y ataques armados contra los miembros de las fuerzas de seguridad estatal. Estas organizaciones se combinarían para formar la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) en 1982.